​​​Конференция участников Системы взаиморасчетов как высший орган управления в Системе взаиморасчетов выполняет следующие функции:

  • рассматривает основные итоги функционирования за прошедший период;
  • определяет общую стратегию и основные задачи на будущий период;
  • определяет структуру и численность НСАВ;
  • рассматривает и изменяет «Положение о Системе взаиморасчетов на воздушном транспорте».
Конференция участников системы взаиморасчетов проводится по мере необходимости, как правило, один раз в два-три года. Решения о времени и месте проведения Конференции, составе, количестве и норме представительства от предприятий - участников Системы взаиморасчетов принимаются Наблюдательным Советом. Конференция вправе принимать решения, если на ней присутствуют более половины делегатов. Решения на Конференции принимаются простым большинством голосов от числа присутствующих на заседании делегатов.
На Конференции утверждается Повестка дня и Регламент ее работы, избираются члены Президиума Конференции, Счетная, Редакционная комиссии и другие рабочие органы, рассматриваются и обсуждаются вопросы Повестки дня, принимается Решение Конференции. Решение Конференции публикуется в отраслевых средствах массовой информации, Сборнике Решений НСАВ, размещается в информационной системе и интернет-сайте СВВТ. Решения Конференции являются обязательными для Наблюдательного Совета авиапредприятий по взаиморасчетам  и участников Системы.
 
Подготовку и проведение Конференции, а также всех необходимых мероприятий, связанных с Конференцией, организует Председатель НСАВ.
 
На Конференции от каждого предприятия - участника Конференции представительствует один делегат, имеющий один голос. Делегатом Конференции является полномочный представитель предприятия - участника Конференции, имеющий письменное подтверждение на право голосования при принятии решений. Руководитель предприятия - участника Системы взаиморасчетов, являющийся делегатом Конференции, представляет предприятие в соответствии с его Уставом без письменного подтверждения.